En el Colegio San José procuramos generar un ambiente ordenado y respetuoso, en el cual las normas de convivencia se aprenden naturalmente. Además, se pretende que los alumnos adquieran métodos de trabajo y desarrollen el autocontrol, para facilitar el aprendizaje y el éxito en las tareas que se propongan. La disciplina no se entiende como un fin en sí mismo: siempre se intenta que los alumnos comprendan su sentido.